Победители 17 спаренных матчей пройдут в третий этап квалификации, жеребьевка которого назначена на 17 июля. В число сеяных команд на этой стадии попали такие клубы как "Копенгаген", "Левски" и "Партизан". В этом сезоне финал Лиги чемпионов УЕФА состоится на "Сантьяго Бернабеу" в Мадриде 22 мая 2010 года.
Жеребьевка 1-го отборочного раунда:
Сан-Хулиа (Андорра) - Тре Фиори (Сан-Марино)
Хибернианс (Мальта) - Могрен (Черногория)
Матчи состоятся 30 июня/1 июля и 7/8 июля.
Жеребьевка 2-го отборочного раунда:
Тирана (Албания) - Стабек (Норвегия)
ВИТ-Джорджия (Грузия) - Марибор (Словения)
Стреймур (Фареры) - АПОЕЛ (Кипр)
Копенгаген (Дания) - Хибернианс (Мальта)/Могрен (Черногория)
Дебрецен (Венгрия) - Кальмар (Швеция)
Македония (Македония) - БАТЭ (Беларусь)
Хабнарфьордюр (Исландия) - Актобе (Казахстан)
Пюник (Армения) - Динамо Загреб (Хорватия)
Вентспилс (Латвия) - Дюделанж (Люксембург)
Экранас (Литва) - Туран (Азербайджан)
Зальцбург (Австрия) - Богемиан (Ирландия)
Зриньски (Босния) - Слован Братислава (Чехия)
Интер (Финляндия) - Шериф (Молдова)
Рил (Уэльс) - Партизан (Сербия)
Висла Краков (Польша) - Левадия (Эстония)
Левски (Болгария) - Сан-Хулиа (Андорра)/Тре Фиори (Сан-Марино)
Маккаби Хайфа (Израиль) - Гленторан (Северная Ирландия).
Матчи состоятся 14/15 и 21/22 июля
