В 2004 г. по политическим причинам ЕГУ был закрыт в Минске и, по приглашению правительства Литвы, в 2005 г. перемещен в Вильнюс. Университет получил статус университета Литвы. В настоящее время ЕГУ посещает более 1500 белорусских студентов.
Предложив белорусскому университету возобновить свою деятельность в Вильнюсе, Литва взяла на себя обязательство поддерживать его до тех пор, пока в Беларуси не появится реальная возможность возобновить деятельность университета.
С 2007 г. Министерство иностранных дел Литвы спонсирует содержание учебных помещений ЕГУ, а также проводимую Вильнюсским университетом программу обучения литовскому языку и культуре студентов и преподавателей университета по программе LitPro.
В 2008 г., в целях обеспечения долгосрочного финансирования университета, по инициативе Еврокомиссии был создан Целевой фонд ЕГУ. Еврокомиссия также призвала страны ЕС и международных доноров поддержать эту инициативу. В 2009 г. Министерство иностранных дел Литвы выделило фонду 794 000 литов.
