Военные покинули Литву на год раньше, чем Польшу и Германию.
31 августа 1993 года, в 23.45 из Литвы ушел последний железнодорожный состав российского военного поезда с десантниками. Был выполнен график вывода войск, подписанный 8 сентября 1992 года министрами обороны Литвы и России.
Литва стала первой балтийской страной, из которой ушла российская армия. Это расценивали как большую победу политиков молодого государства. Вывод российских военных был одним из самых серьезных испытаний и побед литовских дипломатов.
Правда, до конца осени 1993 года в Литве еще оставалось около 150 российских военных, статус которых был узаконен отдельным соглашением. Они должны были позаботиться о вывозе со складов взрывчатки и снарядов.
Переговоры о выводе российских войск с территории Литвы начались летом 1990 года, однако первая официальная встреча делегаций состоялась только 29 января 1992 года. Через неделю тогдашний вице-министр обороны Йонас Гячас подписал акт о приеме-передаче российского военного объекта – построек в Мицкунай (Вильнюсский район).
Переговоры с представителями России вела делегация под руководством вице-председателя Верховного Совета-Восстановительного Сейма Литвы Чесловаса Станкявичюса.
В сентябре 1992 года тогдашний министр обороны Литвы Аудрюс Буткявичюс и министр обороны России Павел Грачев в Москве подписали график вывода войск с территории Литвы. На тот момент в Литве было около 22 000 российских военных.
Литва была наиболее удаленным на Запад местом СССР, поэтому здесь военные создали плацдарм для десантных войск, чтобы перебрасывать их в нужные места.
В Литве находились три десантные дивизии, школа для подготовки десантников, авиация для их транспортировки – аэродромы в Кедайняй, Паневежисе, Кармелаве. На территории Литвы были установлены системы наблюдения за воздушным пространством, сеть радаров, центр военной радиоразведки.