Ценными свойствами синагоги в РКЦ названы ее конструкции, архитектурные детали ее помещений; остатки бывших частей комплекса или их места: остатки бани с ритуальными бассейнами (миквами), место трассы улицы Жиду (Еврейской улицы) и культурный слой.
Строительство первой деревянной синагоги в Вильнюсе, недалеко от улицы Вокечю (Немецкой улицы), на принадлежавшем князю Слуцкому участке земли началось в 1573 году, когда Варшавская конфедерация гарантировала иноверцам равные права с католиками, а дворянам разрешила строить на своей земле храмы любой конфессии. Во время устраивавшихся горожанами погромов синагога была повреждена, потом она была восстановлена. В 1633 году Король Польский и Великий князь Литовский Владислав IV Ваза предоставил привилегию на строительство гетто.
Для гетто был отведен плотно заселенный евреями квартал между улицами Жиду, Скярдиклос и Шв. Миколо, в котором стояла синагога. Привилегия также позволяла возвести в этом месте новую каменную синагогу. Внешний вид синагоги должен был отличаться от храмовых построек католиков и православных, она не могла быть выше соседних домов.
Точная дата строительства Большой синагоги в Вильнюсе неизвестна, однако время строительства каменной синагоги связывают с привилегией Владислава Вазы. Вновь построенная синагога была не только самой большой, но и одной из красивейших и богатейших в тогдашней Республике Двух Народов (Речи Посполитой Двух Народов).