Дело закрыто в связи с отсутствием состава преступления. Судья признал, что Кратов имеет право добиваться реабилитации за неправомерное преследование. По данным агентства "Интерфакс", Кратов на выходе из суда заявил: "Я продолжаю и продолжу работать в уголовно-исполнительной системе". Он добавил, что благодарен "тем, кто поддерживал его в это тяжелое время", особенно сотрудникам общественной организации "Офицеры России".
Адвокат матери Магнитского Николай Горохов, в свою очередь, сказал: "С приговором мы не согласны и обжалуем его в срок, установленный законом".
Суд пришел к выводу, что Кратов действовал в соответствии с должностной инструкцией - в частности, организовал госпитализацию заключенного, когда ему стало плохо. Кратов принял все меры для лечения выявленных болезней, смерть наступила от других заболеваний (Магнитский страдал заболеванием поджелудочной железы, а причиной смерти экспертиза признала острую сердечно-сосудистую недостаточность). Тюремный хирург предлагал Магнитскому операцию, но тот отказался, заявив, что желает оперироваться на свободе.
24 декабря оправдать Кратова попросил прокурор. Он заявил, что в ходе разбирательства не выявил связи между действиями замначальника СИЗО и смертью Магнитского. По мнению прокурора, виновницей смерти Магнитского теоретически можно считать врача "Бутырки" Ларису Литвинову. Ее дело весной 2012 года закрыли из-за истечения срока давности по статье "причинение смерти по неосторожности" (эта причина закрытия считается нереабилитирующей, то есть не доказывает невиновность обвиняемой).
Юрисконсульт Магнитский обвинялся в разработке схемы уклонения от налогов для инвестфонда Hermitage Capital. Он некоторое время содержался в больнице "Матросской тишины" (лучшей среди тюремных больниц Москвы), а осенью 2009 года был выписан и переведен в "Бутырку". Через две недели после выписки ему стало плохо. Заключенного снова привезли в "Матросскую тишину", но спасти его врачи не смогли. Перед смертью Магнитский кричал и бил кушеткой о решетку, ему вызвали психиатрическую бригаду. Когда бригада приехала, заключенный был уже мертв. Однако, основываясь на описании симптомов, специалисты заявили, что больной был психически нормален - он просто находился в состоянии сильного эмоционального возбуждения.