Лебедев также сообщил, что газета уже долгое время ведет некоторые расследования, о которых еще ни разу не выходили публикации. По его словам, убитая вместе с адвокатом Станиславом Маркеловым внештатный корреспондент издания Анастасия Бабурова имела отношение к одному из таких расследований.
Как сообщалось, Бабурова была убита в центре Москвы 19 января. По некоторым данным, она попыталась задержать убийцу Маркелова. С тяжелым ранением она была госпитализирована и позже скончалась в больнице.
Кроме того, 7 октября 2006 года в подъезде своего дома была убита обозреватель "Новой газеты" Анна Политковская, известная своими журналистскими расследованиями.