Кандидатуру Ходорковского выдвинула фракция «Зеленые — Европейский свободный альянс». Представитель фракции Вернер Шульц назвал Ходорковского «наиболее видным политическим заключенным в России и поборником демократических реформ». Вернер также заявил, что «Ходорковский будет достойным лауреатом премии Сахарова и достойным преемником Сахарова — совести России».
На сайте Европарламента сообщается, что официально имена номинантов премии Сахарова будут оглашены 16 сентября. После выдвижения кандидатов лидерами фракций Европарламента должен быть составлен шорт-лист, из которого лидеры фракций выберут лауреата. Премия Сахарова будет вручена в декабре 2013 года в на пленарной сессии Европарламента в Страсбурге.
В 2012 году в шорт-лист премии Сахарова попали участницы группы Pussy Riot Мария Алехина, Надежда Толоконникова и Екатерина Самуцевич. В феврале того же года девушки исполнили с амвона храма Христа Спасителя песню «Богородица, Путина прогони». Из-за этой акции они оказались в тюрьме, получив срок по статье УК РФ о хулиганстве. Алехина и Толоконникова были приговорены к двум годам колонии, а Самуцевич заменили такой же срок на условный.
Премия имени Андрея Сахарова вручается ежегодно за достижения в области защиты прав и основных свобод человека, развития демократии и отстаивания верховенства закона, уважение к международному законодательству и защиты прав меньшинств.