«Во время следственных действий он выбросился из окна шестого этажа и погиб», — сказал Антонов. Колесников выбросился из окна здания Следственного комитета во время допроса, когда с него сняли наручники для подписания документов. По словам Антонова, вызов Колесникова на допрос был для всех полной неожиданностью.
Генерал-майор Колесников вместе со своим бывшим начальником Денисом Сугробовым и другими коллегами проходил по громкому делу о превышении полномочий. По версии следствия, бывшие сотрудники МВД пытались организовать провокацию в отношении сотрудника ФСБ. В частности, они планировали выдать себя за бизнесменов и предложить взять их «под крышу» за десять тысяч долларов в месяц. По информации следствия, именно Колесников санкционировал все мероприятия по провокации взятки.
Бывший руководитель Главного управления по борьбе с экономическими преступлениями и противодействию коррупции (ГУЭБиПК) МВД России генерал Борис Колесников является одним из основных фигурантов уголовного дела об организации преступного сообщества, превышении должностных полномочий и провокации взятки сотрудниками этого подразделения МВД. Всего по делу проходят 12 человек: сами оперативники, в том числе бывший руководитель ГУЭБиПК Денис Сугробов, а также их агенты. По версии следствия, оперативники фабриковали уголовные дела, провоцируя чиновников на получение взяток.