Впервые стороны заключили мирное соглашение в 1972г. в столице Эфиопии Аддис-Абебе. Затишье продолжалось чуть более 10 лет, однако в 1983г., после того, как правительство ввело на христианско-языческом Юге основанную на законах шариата судебную систему, вспыхнул новый конфликт.
Боевые действия разной степени активности с незначительными перерывами продолжались вплоть до 2005г., когда в Кении было подписаны новые мирные соглашения, благодаря которым Южный Судан получил широкую автономию. Тогда же было объявлено о намерении провести референдум по вопросу о независимости южных территорий.
Отметим, что это решение не поддержал один из самых одиозных политиков современности — ливийский лидер Муаммар Каддафи. По его словам, референдум о независимости Южного Судана может вызвать волну сепаратизма в ряде африканских стран.