С лета 2003 года Фере находился в коме, о причинах которой не сообщается. Следователи так и не смогли его допросить. Они полагали, что Фере был близок к обвиняемому в убийстве Гонгадзе бывшему главе Департамента внешнего наблюдения МВД Алексею Пукачу.
Главный редактор оппозиционного интернет-издания "Украинская правда" Георгий Гонгадзе исчез в сентябре 2000 года. Через месяц его обезглавленный труп был найден в лесу под Киевом. Вскоре были обнародованы аудиозаписи, из которых следовало, что о необходимости ликвидации Гонгадзе говорил тогдашний президент Украины Леонид Кучма. Эксперты не подтвердили подлинность пленки.
В 2005 году на допрос по делу Гонгадзе был вызван министр внутренних дел Украины Юрий Кравченко. В тот день, когда глава МВД должен был прийти на допрос, его нашли мертвым. Эксперты сочли его смерть самоубийством. В кармане Кравченко была найдена записка, в которой говорилось: "Мои дорогие, я не виноват ни в чем. Простите меня. Я стал жертвой политических интриг президента Кучмы и его окружения. Ухожу от вас с чистой совестью. Прощайте".
В 2008 году виновными в убийстве Гонгадзе были признаны бывшие сотрудники Департамента внешнего наблюдения МВД Николай Протасов, Валерий Костенко и Александр Попович. Их приговорили к 13, 12 и 12 годам лишения свободы соответственно. Организатором убийства, по версии следствия, является Алексей Пукач. Он находится в розыске.
Умерший 1 июня Эдуард Фере в 1995-2000 годах являлся руководителем аппарата Юрия Кравченко, а в 2000-2003 годах - советником в Государственном управлении делами. Главой этого ведомства был соратник Кравченко Юрий Дагаев. Сам Дагаев, по сообщению издания "Факты и комментарии", умер летом 2003 года в возрасте 52 лет от острого тромбофлебита.