Авторы издания отмечают, что выпущенные ими комиксы преследуют, прежде всего, образовательные цели: рассказать о жизни пророка доступным для читателя языком.
Charlie Hebdo не раз печатал изображения Мухаммеда, которые мусульмане считали оскорбительными. Так, изображения голого Мухаммеда появились в журнале в сентябре, во время беспорядков в арабском мире, вызванных фильмом "Невинность мусульман". Карикатуры были опубликованы через несколько дней после серии атак на американские посольства на Ближнем Востоке, а потому французские власти решили усилить охрану своих дипмиссий в мусульманских странах.
В ноябре 2011 года издание поместило карикатуру на Мухаммеда на обложку, при этом специальный номер вышел под шапкой, в которой слово "Charlie"" было заменено на "Chariat", то есть "Шариат", а главным редактором значился сам исламский пророк. После этого парижский офис журнала подвергся нападению, а его сайт был взломан.