Студенты, политические активисты, демонстранты - некоторым из которых было не больше 14 лет - исчезли без следа, свидетельствует доклад правозащитников.
В Amnesty считают, что насильственные исчезновения стали "ключевым инструментом государственной политики" нынешнего египетского режима.
Многих из исчезнувших людей спецслужбы, предположительно, удерживают на протяжении месяцев, причем они содержатся с завязанными глазами и связанными руками.
Один из случаев, описанных в докладе, касается 14 летнего Мазена Мохамеда Абдаллаха, которого агенты национальной службы безопасности Египта забрали из дома в сентябре и обвинили в причастности к запрещенному движению "Братья-мусульмане" и участию в несанкционированных акциях протеста.
Юноша рассказал, что после того как он стал отрицать все обвинения, следователи несколько раз изнасиловали его, чтобы он "запомнил" нужное им признание, а также били его током и обещали арестовать родителей.
Молодой человек отозвал свое признание во время допроса прокурора, однако ему все равно предъявили обвинения и отпустили лишь 31 января в ожидании суда, рассказали в Amnesty.
Египетское правительство отрицает свою причастность к насильственным исчезновениям и пыткам.
Министр внутренних дел Магди Абдул Гаффар настаивает, что службы безопасности работают в соответствии с египетскими законами.
Более тысячи человек были убиты и более 40 тысяч, предположительно, были заключены в тюрьмы, с тех пор как фельдмаршал Абдул Фатах Сиси возглавил военный переворот, в результате которого в 2013 году был свергнут президент-исламист Мохаммед Морси - первый демократически избранный глава Египта.