В проекте также устанавливаются случаи прекращения полномочий, уточняются функции и устанавливаются права члена комиссии.
Кроме того, президент предлагает объявить после начала работы комиссии второй шестимесячный период, в течение которого лица, тайно сотрудничавшие с советскими спецслужбами, смогут регистрироваться и добровольно сознаваться. Начало второго периода планируется объявить не позднее 1 января 2009 года.
Первый период добровольного признания бывших тайных сотрудников советских спецслужб завершился в 2000 году.
Президент предлагает установить срок завершения деятельности комиссии – 1 января 2012 года – с учетом того, что в 2012 году исполняется 22 года восстановлению Литовской Республики и 12 лет с начала процесса люстрации.
Президент считает, что по истечении этого срока вся информация о лицах, которые сотрудничали с советскими спецслужбами, должна быть обнародована.