Согласно закону, на заседании комиссии должны принимать участие хотя бы три из пяти ее членов. Таким же количеством голосов принимаются и решения.
После одобрения кандидатур членов и председателя комиссии КНБО их назначает или снимает с должности руководитель ДГБ. По два кандидата в эту комиссию представляют ДГБ и Центр исследования геноцида и резистенции жителей Литвы, одного – Генеральная прокуратура.
В последнее время деятельность Комиссии по люстрации застопорилась, поскольку в ней остались только правовед Пятрас Рагаускас и политолог Антанас Кулакаускас. Руководитель – Даля Куодите – и еще два члена ушли в отставку.
Деятельность комиссии и прежде осложняло то, что она работала на общественной базе, кроме того, не было всех необходимых инструментов для осуществления процесса люстрации.
Согласно принятым Сеймом поправкам к закону, деятельность комиссии будет финансироваться из бюджета, комиссия будет состоять уже из 7 членов. По два из них будут выдвинуты президентом, генеральным прокурором и генеральным директором Центра исследования геноцида и резистенции жителей Литвы, а один – главой ДГБ. Состав комиссии утверждает Сейм.
Однако президент Валдас Адамкус 31 октября наложил вето на эти поправки и представил новые, согласно которым предлагается объявить срок продолжительностью 6 месяцев, чтобы люди, тайно сотрудничавшие со спецслужбами СССР, могли зарегистрироваться и добровольно сознаться в этом.
Кроме того, он предложил установить дату завершения деятельности Комиссии по люстрации – 1 января 2012 года.