Инициаторы планировали предложить петербуржцам ответить на два вопроса: согласны ли они с тем, что высота зданий и сооружений в зоне предполагаемого строительства не должна превышать 100 метров, и должен ли быть организован на этой территории историко-культурный заповедник для сохранения выявленных археологических памятников.
Председатель комитета по законодательству Виталий Милонов заявил, что первый вопрос противоречит федеральному законодательству, так как Градостроительный кодекс допускает возведение зданий с превышением высотности. "Если на этот вопрос на референдуме будет получен положительный ответ, получится, что на данной территории не будет действовать федеральный закон", – сказал он.
По словам Милонова, каждый из вопросов "не воспринимается как единое целое" и содержит в себе другие вопросы, что противоречит позиции Конституционного суда. "Граждане вынуждены будут отвечать фактически на два вопроса в первом и на два вопроса во втором", – сказал он.
Кроме того, Милонов сообщил, что вынесение на референдум вопросов, связанных с финансовыми обязательствами невозможно, так как может встать вопрос о компенсации инвестору уже затраченных им средств. Это произойдет в случае, если на референдуме граждане проголосуют против строительства небоскреба.
Ходатайство о регистрации инициативной группы по проведению референдума было подано в горизбирком Санкт-Петербурга 25 ноября. Заявителями выступили 32 человека, в числе которых члены районного отделения партии "Яблоко" Максим Резник, Михаил Амосов, Борис Вишневский, еще в сентябре подавшие иск в Смольнинский городской суд о признании незаконным разрешения правительства на возведение "Охта-центра". В инициативную группу также вошли депутат Заксобрания от "Справедливой России" Алексей Ковалев, координатор Движения гражданских инициатив Евгений Козлов и депутат Заксобрания от КПРФ Сергей Малков. В начале декабря избирательная комиссия Петербурга единогласно одобрила это ходатайство, после чего документы были переданы на рассмотрение парламента.
17 сентября комиссия по землепользованию и застройке Петербурга утвердила отклонение от высотного регламента для "Охта-центра". Высота небоскреба должна была составить 396 метров (403 метра вместе с цокольным этажом). За строительство проголосовали 11 членов комиссии и только три – против. 22 сентября положительное решение о высоте доминанты комплекса приняло правительство города, после чего постановление было подписано губернатором Валентиной Матвиенко.
10 октября в Петербурге прошел митинг протеста против строительства "Охта-центра, в котором приняли участие около трех тысяч человек. Накануне министр культуры России Александр Авдеев передал в прокуратуру Петербурга заключение Росохранкультуры по "Охта-центру". В документе было указано, что, разрешив строить небоскреб, городское правительство нарушило свой же закон N 820-7 "О границах зон охраны объектов культурного наследия на территории Петербурга и режимах использования земель в границах указанных зон" и Градостроительный кодекс. Претензии Росохранкультуры также связаны с тем, что на участке, отведенном под строительство "Охта-центра", находится охраняемый исторический памятник "Шведская крепость Ниеншанц".
