По версии следствия, именно Аушев и Картоев, задержанные в Ингушетии весной 2010 года, в 2009 году заложили две бомбы под поезд и позднее привели их в действие при помощи сотовых телефонов. Кроме того, в закладке бомб участвовал Багаудин Долгиев, который весной 2010 года был убит в ходе спецоперации.
Недавно следователи на четыре дня вывезли Аушева и Картоева на место взрыва. После возвращения подозреваемые сказали своим близким, что их на протяжении всей поездки пытали. "Мурат и Зелимхан рассказали, что их пытали током, а также унижали их человеческое достоинство при помощи металлической трубы", - сказал журналистам анонимный источник в окружении арестованных. Впрочем, медицинская экспертиза следов пыток не выявила.
Аушев, Мурат Картоев и еще восемь членов клана Картоевых были задержаны в ходе спецоперации, проведенной в ингушском селе Экажево 2-3 марта 2010 года. В ходе этой операции был ликвидирован лидер ваххабитов Саид Бурятский. По версии правоохранительных органов, именно Бурятский организовал подрывы поезда "Невский экспресс" в 2007 и 2009 годах (в результате первого теракта никто не погиб, в результате второго погибли 28 человек). Задержанных в ходе спецоперации также заподозрили в причастности к этим терактам.