В докладе министерства иностранных дел Японии говорится, что это может произойти в том случае, если законы ЕС перестанут распространяться на Великобританию.
Доклад также призывает правительство премьер-министра Терезы Мэй "вести себя ответственно".
Около 140 тысяч человек в Британии работают на японские компании.
По информации Би-би-си, правительство Британии получило текст этого доклада в начале недели.
В докладе говорится, что "японские компании со своими европейскими штаб-квартирами в Великобритании могут решить перенести их в континентальную Европу в случае, если законы ЕС перестанут распространяться на Соединенное Королевство".
В докладе не упоминаются конкретные компании, но авторы доклада утверждают, что он был написан из-за многочисленных вопросов, полученных от японских компаний, работающих в Великобритании и ЕС.
Доклад был обнародован в пятницу, накануне визита британского премьер-министра Терезы Мэй в Китай, на саммит "Большой двадцатки". Ожидается, что во время саммита она объяснит своим коллегам, что "брексит" может означать на практике.
Ранее Тереза Мэй заявила, что в рамках саммита она попытается заручиться обещаниями лидеров других стран о возможности заключения торговых договоров после выхода Британии из состава ЕС.
