Около 500 полицейских приняли участие в обысках, прошедших в мечетях, квартирах и молельных комнатах в Вене, Линце и Граце.
Прокуратура заявила, что властями конфискованы "пропагандистские материалы террористов".
Австрийская прокуратура сообщила, что по результатам прошедших в пятницу утром обысков были допрошены 16 человек.
Среди 13 арестованных, подозреваемых в причастности к террористической организации, - боснийский священник, являющийся главным подозреваемым.
В ходе обысков, кроме пропагандистских материалов, как сообщает местная пресса, были изъяты электронные носители информации, наличные и кастеты.
Европейские джихадисты
Австрийские власти сообщили, что расследуют более 150 случаев участия граждан этой страны в войне в Сирии и Ираке на стороне "Исламского государства".
Во многих европейских странах в последнее время прошли полицейские операции, цель которых - предотвратить проникновение в Сирию желающих присоединиться к отрядам "Исламского государства" - джихадистской группировки, контролирующей значительную часть сирийской и иракской территорий.
Сотни живущих в Европе мусульман уехали в Сирию, где вступили в отряды джихадистов, принимающих участие в гражданской войне.
Страны-члены ЕС пытаются предотвратить радикализацию мусульманской молодежи и принимают меры для борьбы с угрозами, связанными с возвращением в европейские страны сторонников воинственного джихада, принимавших участие в боевых действиях в Сирии и Ираке.