Группа из 13 человек добивается того, чтобы понтифик повлиял на политическую ситуацию в стране, убедил коммунистические власти Кубы освободить политических заключенных и положить конец репрессиям.
Диссидентов выставили из Храма Добродетели в центре Гаваны в четверг ночью по просьбе кардинала кубинской столицы.
Папа Римский должен прибыть на Кубу 26 марта.
"Кардинал Хайме Ортега обратился к властям с просьбой повлиять на демонстрантов, чтобы те покинули святое место", - сообщил представитель католической церкви Кубы Орландо Маркес.
В заявлении также говорится, что диссиденты покинули храм без сопротивления.
Группа из восьми женщин и пяти мужчин проникла в храм вечером во вторник и находились в помещении, в которое посетители храма обычно не заходят.
Папа Бенедикт не объявлял о намерении встретиться с диссидентами во время визита на Кубу.
Он начнет свой визит в городе Сантьяго на восточном побережье, где встретится с кубинским президентом Раулем Кастро.
Он также планирует отслужить мессу на главной площади Гаваны.